有機磷類、氨基甲酸酯類、擬除蟲菊酯類殺蟲劑和二硫化氨基甲酸衍生物殺菌劑（福美雙、代森鋅、代森錳鋅等）農藥堿性條件下會分解，故不能與堿性農藥混用，這些藥劑不宜與堿性的石硫合劑、波爾多液混用。（但殺螨劑尼索朗具有能與堿性藥劑混用的優點，則不在其列）大多數有機硫殺菌劑對酸性反應比較敏感，混用時要慎重。如：雙效靈（即氨基酸銅）遇酸就會分解析出銅離子，不僅降低藥效，而且很容易產生藥害。一些農藥不能和含金屬離子的藥物混用，如：甲基托布津、二硫化氨基甲酸鹽類殺菌劑等不宜與銅制劑混用。

混用后產生藥害的不能混用

石硫合劑和波爾多液混用;二硫代氨基甲酸鹽類殺菌劑與銅制劑混用;福美雙、代森環類殺菌劑和堿性藥物混用，都會生成對作物產生嚴重藥害的物質，因此不能混用。

具有交互抗性的農藥不宜混用

如殺菌劑多菌靈、甲基托布津具有交互抗性。混合用不但不能起到延緩病菌產生抗藥性的作用，反而會加速抗藥性的產生，所以不能混用。

物理性狀被改變的不能混用

混用農藥時要注意不同成分的物理性狀是否改變，混合后產生分層、絮結和沉淀、乳劑破壞、懸浮率降低甚至有結晶析出的也不能混用。乳油和水劑混用時，可先配水劑藥液，再用水劑藥液配制乳油藥液。一些酸性且含有大量無機鹽的水劑農藥與乳油農藥混用時會有破乳現象，要禁止混用。有機磷可濕性粉劑和其他可濕性粉劑混用時，懸浮率會下降，容易造成藥害，不宜混用。